Uitgelegd: het gemuteerde coronavirus versus tests, vaccins

Nieuw coronavirus versus Covid-19-vaccins en -tests: de coronavirusvariant die in het VK circuleert, wordt bepaald door veel mutaties. Welke zijn van bijzonder belang? Waarom heeft de WHO geadviseerd dat het sommige PCR-tests kan omzeilen, en kan het de vaccinatie beïnvloeden?

Een flesje van het Pfizer-BioNTech Covid-19-vaccin in Guy's Hospital in Londen. Hoewel het virus in sommige gebieden is gemuteerd, richten de meeste vaccins zich op meerdere delen. (AP-foto: Frank Augstein)

In opkomende informatie over de nieuwe variant van het coronavirus SARS-CoV-2 die in het VK circuleert, één mutatie bijzondere zorg heeft gehad. De variant, genaamd VUI 202012/01 en waarvan wordt gemeld dat deze sneller tussen mensen kan worden overgedragen, wordt gedefinieerd door maar liefst 14 mutaties en drie deleties in het genetische materiaal. Van bijzonder belang is één mutatie, N501Y. Hoewel het potentieel van de variant om de test- en vaccinatieresultaten te beïnvloeden nog steeds wordt bestudeerd, zijn gezondheidsautoriteiten grotendeels optimistisch dat de meeste tests en vaccins nog steeds zullen werken.

Wat is een mutatie?

Een mutatie betekent een wijziging in genetisch materiaal. In een RNA-virus zoals SARS-CoV-2 zijn eiwitten gemaakt van een opeenvolging van aminozuren. Zo’n virus bevat zo’n 30.000 ‘basenparen’, die als bakstenen naast elkaar zijn geplaatst om een ​​structuur te vormen. Een wijziging in deze basis kan een mutatie zijn, die de vorm en het gedrag van het virus effectief verandert.

In de Britse variant heeft één mutatie ervoor gezorgd dat het virus meer kans heeft om zich te binden aan menselijke eiwitten die receptoren worden genoemd. Dit wordt N501Y genoemd.

Wat is N501Y?

In eenvoudige bewoordingen is het aminozuur weergegeven door de letter N, en aanwezig op positie 501 in de genetische structuur van het coronavirus, op die positie vervangen door een ander aminozuur, weergegeven door Y. De positie waar deze wijziging heeft plaatsgevonden is in de receptorbindend domein van spike-eiwit. (Het is het spike-eiwit van het virus dat zich bindt aan de menselijke receptor.)

Daarom heeft de mutatie de bindingsaffiniteit van het coronavirus verhoogd. Het gemuteerde virus is naar verluidt verantwoordelijk voor 60% van de recente infecties in Londen.

Volgens de Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID)-database is dezelfde mutatie in het receptorbindende domein onafhankelijk gerapporteerd in verschillende landen, waaronder Zuid-Afrika en Australië. Sequentieanalyse heeft aangetoond dat deze mutatie afzonderlijk is ontstaan ​​in het VK en Zuid-Afrika.

Hoe zit het met de andere coronavirusmutaties?

Mutaties komen vaak voor, maar de meeste veroorzaken geen verandering in de structuur van de eiwitten waarvoor ze coderen - dit worden 'synonieme' mutaties genoemd, omdat ze zich uiteindelijk vertalen naar dezelfde aminozuren. Een ander type is 'niet-synonieme' mutatie, die kan leiden tot een aminozuurverandering.

In de variant die in het VK circuleert, zijn er zes synonieme wijzigingen en veertien niet-synonieme mutaties. Bovendien zijn er drie 'deleties' - aminozuren die uit de sequentie zijn verwijderd.

Volgens de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) zijn, behalve N501Y, mutaties die de overdraagbaarheid van het virus bij mensen kunnen beïnvloeden, P681H en HV 69/70.

En wat zijn P681H en HV 69/70?

P681H : Deze mutatie is opgetreden in het aminozuur dat aanwezig is op 681 - een andere positie in het receptorbindende domein. Hier is het aminozuur P vervangen door H. De Amerikaanse Centers for Disease Control (CDC) hebben gezegd dat dit een site is met een hoge variabiliteit in coronavirussen, en deze specifieke mutatie is ook meerdere keren spontaan ontstaan. De WHO heeft gezegd dat deze mutatie van biologische betekenis is.

Onderzoekers hebben eerder aangetoond dat deze mutatie de toegang tot respiratoire epitheelcellen en overdracht in diermodellen kan bevorderen.

Recente monsters die zijn gesequenced in het African Centre of Excellence for Genomics of Infectious Diseases, Redeemer's University, Nigeria, hebben daar de P681H-sequentie aangetoond. Onderzoekers zeggen echter dat ze op dit moment geen bewijs hebben dat erop wijst dat de P681H-variant bijdraagt ​​aan een verhoogde overdracht van het virus in Nigeria.

HV 69/70 : Deze mutatie is het gevolg van een deletie van aminozuren op positie 69 en 70. Deze posities zitten weer in het spike-eiwit van het virus. Deze verwijdering is ook waargenomen in Frankrijk en Zuid-Afrika. De CDC heeft gezegd: Deze dubbele deletie is vele malen spontaan opgetreden en leidt waarschijnlijk tot een verandering in de vorm van (d.w.z. een conformationele verandering in) het spike-eiwit.

Onderzoekers namens COVID-19 Genomics Consortium UK (CoG-UK), die de nieuwe variant in het VK de rode vlag gaven, hebben in hun voorlopige rapport gezegd dat deze verwijdering ook werd gezien bij een met nertsen geassocieerde uitbraak in Denemarken. Bij mensen is deze deletie in verband gebracht met een andere mutatie, N439K, die opnieuw optrad in het receptorbindende domein.

De WHO heeft benadrukt dat deze verwijdering de prestaties van sommige RT-PCR-tests die het nieuwe coronavirus detecteren, kan beïnvloeden.

Hoe kan het RT-PCR-tests beïnvloeden?

De WHO heeft gezegd dat de deletie op posities 69/70 de prestaties van sommige diagnostische PCR-assays die een 'S-gendoelwit' (in het 'S' of spike-eiwit) gebruiken, beïnvloedt. De WHO heeft echter ook gezegd dat de meeste PCR-assays wereldwijd meerdere doelen gebruiken en dat daarom de impact van de variant op de diagnostiek naar verwachting niet significant zal zijn.

De CDC heeft ook gezegd dat de meeste commerciële PCR-tests meerdere doelen hebben waar ze het virus detecteren, zodat zelfs als een mutatie een van de doelen treft, de andere PCR-doelen nog steeds werken.

In feite werd een infectie veroorzaakt door de nieuwe stam ook in het VK gedetecteerd door de conventionele RT-PCR-test.

Laboratoria die interne PCR-assays gebruiken die gericht zijn op het S-gen van het virus, moeten zich ook bewust zijn van dit potentiële probleem. Om de impact op de detectiecapaciteiten in de landen te beperken, wordt ook aanbevolen een aanpak te gebruiken met verschillende tests in parallelle of multiplextests die gericht zijn op verschillende virale genen om de detectie van mogelijk ontstane varianten mogelijk te maken, had de WHO aanbevolen.

Heeft het gevolgen voor de ontwikkeling van vaccins?

De CDC heeft gezegd dat vaccins die zijn goedgekeurd door de Amerikaanse Food and Drug Administration (FDA) polyklonaal zijn en antilichamen produceren die zich richten op verschillende delen van het spike-eiwit.

Het virus zou waarschijnlijk meerdere mutaties in het spike-eiwit moeten accumuleren om de immuniteit te omzeilen die wordt veroorzaakt door vaccins of door natuurlijke infectie, zei het.

En de WHO heeft gezegd: er zijn laboratoriumonderzoeken gaande om te bepalen of deze variantvirussen verschillende biologische eigenschappen hebben of de werkzaamheid van het vaccin veranderen. Er is momenteel onvoldoende informatie om te bepalen of deze variant geassocieerd is met een verandering in de ernst van de klinische ziekte, antilichaamrespons of vaccinwerkzaamheid.

debbe dunning home improvement

Deel Het Met Je Vrienden: